MOVE2GBIF: GPS-zendergegevens van dieren mobiliseren naar Movebank en GBIF

Talk at the NLBIF relatiedag in Leiden, Netherlands - March 7, 2023.

Project report: https://doi.org/10.5281/zenodo.7408643

Transcript

1. MOVE2GBIF GPS-zendergegevens van dieren mobiliseren naar Movebank en GBIF NLBIF relatiedag, 7 maart 2023 Peter Desmet 0000-0002-8442-8025
2. - GPS-zender verzamelt periodiek - Positie (coördinaten) - Hoogte - Temperatuur - Versnelling/acceleratie - Maakt het mogelijk om het gedrag van dieren tot in detail te bestuderen Waarom dieren zenderen?
3. - Studies sinds 2010 - Vogelsoorten - Kleine mantelmeeuw 250 - Scholekster 202 - Zilvermeeuw 64 - Bruine kiekendief 18 - Zwartkopmeeuw 14 - Andere 20 - Technologie - Uva-BiTS 440 - Ornitela 129 INBO, NIOO-KNAW & Sovon
4. Stienen et al. 2016 doi.org/10.3897/zookeys.555.6173
5. Movebank - Gratis platform voor animal tracking data - Data opladen of synchroniseren - Metadata beheren - Data visualiseren - Samenwerken en delen - Data in uniform formaat - 7,500 studies - 4 miljard locatie gegevens movebank.org
6. Data zijn breder inzetbaar - Niet enkel nuttig voor movement ecology - Zijn ook occurrence data, maar weinig doorstroom naar - Global Biodiversity Information Facility (GBIF) - Ocean Biodiversity Information Facility (OBIS) - Barrière is technisch gbif.org obis.org
7. MOVE2GBIF (NLBIF-call 2021) 1. Vijf scholekster datasets van NIOO-KNAW/Sovon als open data publiceren op Movebank 2. Software en best practices ontwikkelen om Movebank data naar GBIF te publiceren 3. Testen van software op 11 datasets van INBO, NIOO-KNAW, Sovon Project partners: Radboud Universiteit, NIOO-KNAW, BLWG, Sovon, INBO & Movebank
8. Open scholekster data op Movebank - 5 + 1 studies - 202 vogels - 6 miljoen GPS-posities - 164 miljoen acceleratie metingen - 7 miljoen gedragsclassificaties - Geautomatiseerd met R script - Kwaliteitscontrole (o.a. outliers) github.com/inbo/bird-tracking
9. - Context - Methodologie - Beschrijving datasets - Figuren Data paper van der Kolk et al. 2022 doi.org/10.3897/zookeys.1123.90623
10. - Movebank is een databank - Archiveren op zenodo.org - DOI - Metadata - Data als CSV bestanden - Frictionless data - Dataset begrijpbaar maken voor mens en software - datapackage.json bestand Data archiveren op Zenodo Dijkstra et al. 2022 doi.org/10.5281/zenodo.5653311
11. Hoe krijgen we data op GBIF? - Transformatie naar de Darwin Core standaard - Best practices met Movebank en GBIF: - Vanggegevens als human observations - GPS-posities als machine observations, gereduceerd tot 1 record per uur www.movebank.org/cms/movebank-content/ archiving-biodiversity
12. Software - Open source R package movepub - Frictionless maken van GPS-zenderdata - GPS-zenderdata transformeren naar Darwin Core met write_dwc() Desmet 2022 inbo.github.io/movepub/
13. - Stappen - Inlezen van Zenodo - Transformeren met movepub - Publiceren met GBIF IPT - Data beschikbaar op GBIF - 11 datasets - 4 soorten - 4 miljoen occurrences Testen en publiceren bit.ly/gps-tracking-gbif
14. - Stappen - Inlezen van Zenodo - Transformeren met movepub - Publiceren met GBIF IPT - Data beschikbaar op GBIF en OBIS - 15 datasets - 10 soorten - 4.4 miljoen occurrences Testen en publiceren bit.ly/gps-tracking-gbif
15. - Meer open GPS-zenderdata - Movebank - Zenodo (Frictionless data) - GBIF & OBIS - Doorstroom mogelijk naar GBIF & OBIS - Best practices - Software Samenvatting
16. Bedankt Project partners Henk-Jan van der Kolk Sarah Davidson Bruno Ens Martijn van de Pol Eelke Jongejans Peter Desmet - Project rapport doi.org/10.5281/zenodo.7408643 - Data paper doi.org/10.3897/zookeys.1123. 90623 - Deze presentatie bit.ly/move2gbif-presentation