AWS HealthOmics試してみた

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1. AWS HealthOmics試してみた AWS Community Builders Meetup Kyushu 2026 2026.10.23 佐藤 礼央奈 X: @xthixsl_ml ©Fusic Co., Ltd. 0
2. はじめに 自己紹介 佐藤 礼央奈 R E O N A S AT O 株式会社Fusic エンジニア/チームリーダー 新卒2年目・MLOpsエンジニア 2026 Japan AWS Jr. Champion 2026 Japan All AWS Certifications Engineer 2026 AWS Community Builder AI Engineering Kaggle Expart 最近ハマっていること：Kaggle ©Fusic Co., Ltd. 1
3. 1. AWS HealthOmicsとは 2. 試してみた ©Fusic Co., Ltd. 2
4. 1 AWS HealthOmicsとは ©Fusic Co., Ltd. 3
5. AWS HealthOmicsとは AWS HealthOmicsは、ゲノム、RNA、タンパク質などのオミクスデータを大規模に 保存、管理、分析するための医療・ライフサイエンス分野専用のフルマネージドサービス SageMaker Training Jobsに近い使い方 ©Fusic Co., Ltd. 4
6. AWS HealthOmicsとは ワークフローは、用意済みのものを選ぶか、自分で書いて持ち込むかを選べる 東京リージョンではReady2Runが0件だったので、プライベートを使用（2026年10月、今回のアカウントで確認） ©Fusic Co., Ltd. 5
7. AWS HealthOmicsとは 処理の定義、1回の実行、1つ1つの処理という関係 CPUとメモリはTaskごとに指定し、合う計算資源をAWS HealthOmicsが用意 ©Fusic Co., Ltd. 6
8. AWS HealthOmicsとは データ、コンテナ、権限、処理定義を用意して実行 既定では、実行中は同じリージョンのS3とECRにだけつながるので、入力とコンテナを先に置く ©Fusic Co., Ltd. 7
9. 2 試してみた ©Fusic Co., Ltd. 8
10. 試してみた 公開されている血液の細胞のデータを、2段のワークフローで解析 1細胞RNA-seq：細胞1つずつについて、どの遺伝子がどれだけ働いているかを測る方法 ©Fusic Co., Ltd. 9
11. 試してみた 手元のPCから、入力とコンテナを置いて、実行を開始するだけ 1 データを取得 2 S3とECRに置く 3 実行を開始 4 AWS HealthOmicsが処理 公開データを手元のPCへ 10xGenOmics 入力はS3、コンテナはECRへ start-runで定義と入力を指定 QC → CLUSTERの順に実行 結果はS3へ ログはCloudWatch Logsへ ©Fusic Co., Ltd. 10
12. 試してみた Runは最後まで完了し、細胞が10個のグループに分かれた UMAP：近い点ほど似た細胞。色はグループ 細胞の種類（T細胞など）の判定まではしていない ©Fusic Co., Ltd. 11
13. 試してみた コードや結果の図は、ブログで紹介しています ©Fusic Co., Ltd. 12
14. まとめ Point.01 定義・コンテナ・入力データを渡せば、実行はAWS HealthOmicsが担当 Point.02 入力とコンテナは、同じリージョンのAmazon S3とAmazon ECRに先に置く Point.03 公開データの2,700細胞を、QCからグループ分けまで流せた ©Fusic Co., Ltd. 13
15. Thank You ご清聴いただきありがとうございました We are Hiring! https://recruit.fusic.co.jp/ ©Fusic Co., Ltd. 14