Rによるネットワークデータのプロット

Tokyo.R #92 Rによるネットワークデータのプロット orca_mcmc

自己紹介 • 名前: 越智宏朗(おちひろあき) • 大学院博士課程 • 専攻:
社会心理学 & 心理統計学 • 集団のパフォーマンスについての研究をしてます • TokyoR初発表

Rでネットワークデータを扱う Rでネットワークデータを使うには主に statnet igraph の2つのパッケージのどちらかを使う

Rでネットワークデータを扱う statnet • ネットワーク分析やプロットに使うパッケージが一通り入ってる(sna,network…) • matrixやlistなど標準的なオブジェクトクラスに対応 • ネットワーク専用のクラスのnetworkも使える

Rでネットワークデータを扱う igraph • (statnetほどじゃないけど)基本的な関数はそろっている • オンラインチュートリアルがある (https://igraph.org/redirect.html) • ネットワークデータを専用のigraphクラスで扱う

Rでネットワークデータを扱う今回はstatnetで行きます

ネットワークデータの可視化 • statnetパッケージではgplot()でプロットできる • igraphパッケージではplot.igraph()でプロットできる gplot()でプロット plot.igrah()でプロット

ネットワークデータの可視化 •(デフォルトだと)ほとんど同じ • 2つともかなりの数の引数が用意されているので、それらをうまく使えば色々かっこいいプロットができる • ただ、慣れ親しんだプロットの方法ggplot2がある

ネットワークデータの可視化 • 実は、ggplot2はネットワークのプロットにも使える! 1. ggnetwork(statnet) 2. Ggally(statnet) 3. Ggraph(igraph)

ネットワークデータの可視化 • これらのパッケージを用いることで、 1. 複数のレイヤーを重ねるようなプロットができる 2. ggplot2と同じように色の指定ができる 3. 書き方がggplot2と同じ感じ使いやすい!

使用するデータ実際にやってみよう! 今回使うデータ • ergmパッケージにある高校生の関係性ネットワークノードの属性 • 人種、性別、学年、次数中心性(いくつのノードとつながっているか)

ggnetwork

Ggally

終わりに • ggnetworkとGgally、どちらも同じようなプロットが可能 •使いやすい方をつかおう！！ • 今回はやらなかったけど、Ggraphでも同じようなことができる…はず

参考資料 • 鈴木努，2017，『Rで学ぶデータサイエンス8 ネットワーク分析第2版』共立出版

Enjoy! hochi(at)psy.senshu-u.ac.jp ※(at)は@に変換してください

Hiroaki Ochi