Evaluation génomique des femelles laitières croisées : comprendre la méthode pour accompagner les éleveurs à son utilisation

Audrey Martin (Eliance), Manon Guillerm (Idele)

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1. Evaluation génomique des femelles laitières croisées : comprendre la méthode pour accompagner les éleveurs à son utilisation Audrey Martin (Eliance), Manon Guillerm (Idele) Conférence Space 2026
2. Les chiffres du croisement laitier en France En 2025 • 6,6% des IAP sur vaches laitières et 5,2% des IAP sur génisses • 6% des IAT sur femelles laitières  Sans outil génétique disponible ! Conférence Space 2026 IAP : Première IA IAT : IA totale Source : IDELE
3. Concept de l’hétérosis Le croisement entre races bénéficie d'un effet d'hétérosis : • “Bonus” des croisés par rapport à la moyenne des races parentales • Observé sur le croisement de races génétiquement éloignées, il est dû à une plus grande diversité génétique • Effet variable selon les caractères (++ robustesse) 11 septembre 2025 GEDIL Conférence Space 2026 3
4. Que penser du croisement ? “Le croisement, c’est la fin des races pures” Le croisement se base sur les apports des races pures Pas d'intérêt pour les éleveurs attachés à une race particulière  Nécessite de conserver les races pures et continuer à les sélectionner “En 1er croisement OK, mais après j’en fais quoi ?” Diminution de l'effet d’hétérosis si accouplement de la croisée de 1ère génération (F1) avec un taureau d'une des deux races d'origine  Encore maximum en croisant les F1 avec une nouvelle race Croisement rotatif possible pour maintenir l'effet d'hétérosis (ex: dans PROCROSS, se stabilise à 86% d’hétérosis) Conférence Space 2026 => Evaluations génomiques sur croisement, pour connaître le potentiel des animaux croisés et optimiser les plans d’accouplement!
5. Un sujet avec une histoire • Repères et impacts technico-économiques du croisement laitier en France • Présentation au SPACE 2016 par Charlotte Dezetter et Pascale Le Mezec • 2018 à 2023 – Projet EVAGENOC • Objectif : Développement d’un outil de calcul des valeurs génomiques pour les femelles croisées laitières • 6258 animaux croisés génotypés • Depuis fin 2023 – Projet TransEvagenoc • Objectif : Tests et déploiement des évaluations génomiques pour le croisement laitier Conférence Space 2026
6. Comment évaluer les croisés laitiers ? 1è re é t a p e : O rig in e ra c ia le Conférence Space 2026 2è m e é t a p e : P ré d ic t io n s
7. Données utilisées • Croisés issus de 3 races laitières : Holstein, Montbéliarde, Normande • Données disponibles : • Génotypages • Performances en 1ère lactation pour • Quantité de lait (LAIT) • Quantité de matière grasse (QMG) • Quantité de matière protéique (QMP) • Score de cellules somatiques (SCS) • Intervalle entre le vêlage et la première insémination (IVIA1)  4 004 croisés Conférence Space 2026
8. Parler génétique comme dans les livres • Un génotypage peut être comparé à un livre : • Génome complet = Livre • Gène = Phrase • Marqueur (ou SNP) = Mot • Génotypage = Échantillon de mots permettant de reconstituer l’histoire • L’histoire se ressemble en général mais les variations sont importantes : • “Elle produit beaucoup de lait” VS “Elle produit énormément de lait” • “Le vêlage a été très difficile” VS “Le vêlage a été sans aide” • Chaque race a sa façon de raconter son histoire • Présence et fréquence des mots (=marqueurs) Conférence Space 2026
9. Origine raciale des marqueurs 5000 animaux par race Conférence Space 2026 Programme : BreedOrigin (Didier Boichard)
10. Évaluations génomiques classiques Conférence Space 2026
11. Évaluations génomiques des croisés Hétérosis + Conférence Space 2026 + Hétérosis Méthode IPVGeno Programme : CrossSG (Pascal Croiseau)
12. Quelle expression des index en croisement est souhaitable ? Groupe d’échange avec les professionnels de la filière Etablissement de scénarios et priorisation des caractères à étudier Expression des index par rapport à toutes les croisées lait (ou d’un type de croisement choisi) Envoi de valeur brutes aux OES qui se chargent du choix du mode d’expression 8 éleveurs enquêtés Expression des index par rapport à une/des races pures choisies, dont cas particulier de l’absorption : en fonction de la race d’arrivée Expression des index en fonction d’une base 0 arbitraire Conférence Space 2026
13. Expression des index par rapport aux femelles croisées d’un croisement type Valeur génétique = Σ effets SNP race pure Pour troupeau 100% croisé Troupeau schéma rotatif Je positionne ma femelle en fonction de : Autres stratégies Base expression Croisées schéma rotatif 3 races Conférence Space 2026 Comparaison à une population d’animaux qui me ressemble Performances Lait Taux Cellules Santé mamelle Repro, ... Moyenne population croisée = base 0 Exemple : moyenne LAIT base croisée = +8 500 kg Valeur génétique en sortie d’évaluation Vache 1 : +9 500 kg Vache 2 : +5 000 kg Vache 3 : - 400 kg  Index exprimé (unité index) Vache 1 : +1 000 Vache 2 : - 3 500 Vache 3 : - 8 900
14. Expression des index par rapport à une/des races pures choisies Race pure calcul = Race pure expression Mise en œuvre simple car disponibilité directe en sortie d’évaluation Possibilité de conversion vers une autre race OU Création de tables de correspondances pour toutes les autres races Complexifie l’indexation/diffusion si plusieurs races pures sont choisies Différence raciale / race Hétérosis / race Comparaison de toutes les femelles par rapport à une race pure Base de comparaison avec race unique Race pure calcul ≠ Race pure expression Conférence Space 2026 Dépendance des choix de l’OS de la race d’expression (sélection, politique, etc.) Promotion d’une race Amplitude d’index extrême Accord entre OS sur le choix de la race de référence et donc du 0
15. Côté éleveurs, quelle expression des index en croisement est souhaitable ? Expression des index par rapport à toutes les croisées lait (ou d’un type de croisement choisi) Le plus adapté au croisement rotatif A adapter selon les croisements majoritaires en France Expression des index par rapport à une/des races pures choisies, dont cas particulier de l’absorption : en fonction de la race d’arrivée Connaissance des références en race pure, facilité de comparaison même si valeurs extrêmes Quelle(s) race(s) choisir ? Expression des index en fonction d’une base 0 arbitraire Envoi de valeur brutes aux OES qui se chargent du choix du mode d’expression Conférence Space 2026
16. Travailler avec les index génomiques LAIT Moy. = 11000 1ère lactation Performances (en kg) Diff. moyenne = 2888 kg Conférence Space 2026 Moy. = 9112 Catégories d’index
17. Travailler avec les index génomiques intervalle vêlage – 1ère IA (IVIA1) Diff. moyenne = - 14 jours 1ère lactation Performances (en jours) Moy. = 102 Conférence Space 2026 Catégories d’index Moy. = 88
18. Pour les premières évaluations • Quels caractères évalués ? • Caractères dont la mesure est commune à toutes les races pures • Production laitière et certains fonctionnels: • Quantité de lait • Quantité et taux de matière grasse • Quantité et taux de matière protéique • Score de cellules somatiques • Intervalle entre le vêlage et la première insémination • Quel mode d’expression ? • Choix du scénario 1 : Expression basée sur la population croisée • Pour les animaux génotypés, index représentatifs de tous les types de croisement Français Conférence Space 2026
19. A retenir • Des outils ont été développés pour une indexation génomique des croisés laitiers ! • Transmission des résultats du pilote aux OS/ES en décembre 2025 • Travail sur croisées génotypées descendantes de 6 races laitières : • Holstein • Montbéliarde • Normande • Brune • Jersiaise • Rouge Scandinave (pour PROCROSS)  Soutenir l’effort de collecte de données des croisés laitiers Conférence Space 2026
20. Merci de votre attention Retrouvez les diaporamas de nos conférences sur idele.fr Venez échanger avec nos ingénieurs sur notre stand B08 (Hall 6) Conférence Space 2026