Upgrade to Pro
— share decks privately, control downloads, hide ads and more …
Speaker Deck
Features
Speaker Deck
PRO
Sign in
Sign up for free
Search
Search
テンソル分解による糖尿病の組織特異的遺伝子発現の統合解析を用いた関連疾患の予測
Search
Y-h. Taguchi
February 28, 2025
Science
2
170
テンソル分解による糖尿病の組織特異的遺伝子発現の統合解析を用いた関連疾患の予測
Presentation at SIGBIO-81
https://www.ipsj.or.jp/kenkyukai/event/bio81.html
Y-h. Taguchi
February 28, 2025
Tweet
Share
More Decks by Y-h. Taguchi
See All by Y-h. Taguchi
知能とはなにかーヒトとAIのあいだー
tagtag
0
16
学術講演会中央大学学員会府中支部
tagtag
0
220
マウス肝炎ウイルス感染の遺伝子発現へのテンソル分解の適用によるSARS-CoV-2感染関連重要ヒト遺伝子と有効な薬剤の同定
tagtag
0
100
大学のアウトリーチ活動(中央大学学員(OB)会主催学術講演で講演して)
tagtag
1
67
AI(人工知能)の過去・現在・未来 —AIは人間を超えるのか—
tagtag
0
120
マルチオミクスデータ解析のためのカーネルテンソル分解による新しい特徴選択法
tagtag
1
110
学術講演会中央大学学員会大分支部
tagtag
0
160
学術講演会中央大学学員会いわき支部
tagtag
0
160
テンソル分解を用いた教師なし学習による変数選択法のシングルセルマルチオミックスデータ解析への応用
tagtag
1
160
Other Decks in Science
See All in Science
トラブルがあったコンペに学ぶデータ分析
tereka114
2
1.6k
Transformers are Universal in Context Learners
gpeyre
0
830
インフラだけではない MLOps の話 @事例でわかるMLOps 機械学習の成果をスケールさせる処方箋 発売記念
icoxfog417
PRO
2
820
MoveItを使った産業用ロボット向け動作作成方法の紹介 / Introduction to creating motion for industrial robots using MoveIt
ry0_ka
0
460
Gemini Prompt Engineering: Practical Techniques for Tangible AI Outcomes
mfonobong
2
120
データベース08: 実体関連モデルとは?
trycycle
PRO
0
590
サイゼミ用因果推論
lw
1
7.2k
小杉考司(専修大学)
kosugitti
2
670
Marvin Minsky - 'Society of Mind'
__ymgc__
2
110
03_草原和博_広島大学大学院人間社会科学研究科教授_デジタル_シティズンシップシティで_新たな_学び__をつくる.pdf
sip3ristex
0
370
Online Feedback Optimization
floriandoerfler
0
1.4k
創薬における機械学習技術について
kanojikajino
16
5.2k
Featured
See All Featured
BBQ
matthewcrist
88
9.7k
Thoughts on Productivity
jonyablonski
69
4.7k
Navigating Team Friction
lara
186
15k
How to Think Like a Performance Engineer
csswizardry
23
1.6k
Unsuck your backbone
ammeep
671
58k
Writing Fast Ruby
sferik
628
61k
Exploring the Power of Turbo Streams & Action Cable | RailsConf2023
kevinliebholz
32
5.8k
Design and Strategy: How to Deal with People Who Don’t "Get" Design
morganepeng
129
19k
Building Better People: How to give real-time feedback that sticks.
wjessup
368
19k
[RailsConf 2023] Rails as a piece of cake
palkan
55
5.6k
Being A Developer After 40
akosma
91
590k
The Art of Delivering Value - GDevCon NA Keynote
reverentgeek
14
1.5k
Transcript
ςϯιϧղʹΑΔපͷ ৫ಛҟతҨࢠൃݱͷ ౷߹ղੳΛ༻͍ͨؔ࿈࣬ױͷ༧ଌ (Taguchi et al., Genes 2022, 13(6), 1097)
Y.-H. Taguchi, Turki Turki தԝେֶ ཧֶ෦ ཧֶՊ Ωϯάαυେֶ ίϯϐϡʔλՊֶՊ 2025 ݄̏̒ Taguchi & Turki (MDPI) SIGBIO81 2025 ݄̏̒ 1 / 18
εϥΠυ֓ཁ 1 ݚڀഎܠͱత 2 ςϯιϧղͷجૅ 3 HOSVD ղੳख๏ͱσʔλ 4 ݁Ռͷ֓ཁ
5 ߟͱԠ༻Մೳੑ 6 ݁ͱࠓޙͷల 7 ࢀߟจݙ Taguchi & Turki (MDPI) SIGBIO81 2025 ݄̏̒ 2 / 18
ݚڀഎܠʢ1/2ʣ පੈքతʹਂࠁͳ݈߁՝Ͱ͋Γɺਆܦม ੑ࣬ױඇΞϧίʔϧੑࢷ؊ɺ৺݂োͳͲ ଟ༷ͳ߹ซʢ༨පʣͱͷؔ࿈͕ࢦఠ͞Ε͍ͯΔɻ ͜͏ͨ͠༨පΛแׅతʹѲɾ༧ଌ͢Δ͜ͱɺ ༧ҩֶݸผԽҩྍͷ؍͔Βॏཁɻ ҨࢠൃݱσʔλΛ༻͍ͨղੳ͕ɺ࣬ױͷࢠج ൫Λղ໌͢Δ༗ྗͳखஈͱͯ͠͞Ε͍ͯΔɻ Taguchi &
Turki (MDPI) SIGBIO81 2025 ݄̏̒ 3 / 18
ݚڀഎܠʢ2/2ʣ ैདྷ୯Ұ৫Ͱͷࠩղੳʢt ݕఆ, SAM, limma ʣ͕ओྲྀ͕ͩɺશੑ࣬ױͷશମ૾Λे ʹଊ͖͑Εͳ͍Մೳੑ͕͋Δɻ ຊݚڀͰɺςϯιϧղ (TD) Λ༻͍ͯϚϧν
৫ҨࢠൃݱσʔλΛಉ࣌ʹղੳ͠ɺපʹ ਵ͢Δ࣬ױʢ༨පʣΛਪఆ͢Δɻ తɿ୯Ұ৫ղੳͱൺֱ͠ͳ͕Βɺ౷߹ղੳͷ ϝϦοτΛݕূ͢Δͱͱʹɺ৽ͨͳ࣬ױؔ࿈ ใΛൃ۷͢Δɻ Taguchi & Turki (MDPI) SIGBIO81 2025 ݄̏̒ 4 / 18
ςϯιϧղʢTDʣͱ ςϯιϧɿଟ࣍ݩྻɻҨࢠ ʷ ৫ ʷ ࣌ؒ ʷ ॲஔ ʜͳͲɺ3 ࣍ݩΛ͑Δσʔλߏɻ
HOSVD (Higher-Order SVD)ɿߴ࣍ݩͷಛҟ ղʹΑΓɺίΞςϯιϧͱ֤Ϟʔυͷಛҟϕ Ϋτϧղ͢Δɻ ڭࢣͳ͠ख๏Ͱ͋Γɺෳ݅ɾ৫Λಉ࣌ʹ ѻͬͯใΛଛͳΘͣɺજࡏతͳมಈཁҼΛந ग़Մೳɻ ϙΠϯτ ୯Ұ৫͝ͱͷղੳͰݟ͑ͮΒ͍ʮԣஅతͳಛʯ Λଊ͑ΒΕΔͷ͕ڧΈɻ Taguchi & Turki (MDPI) SIGBIO81 2025 ݄̏̒ 5 / 18
HOSVDղੳϑϩʔʢ֓೦ਤʣ ʢจຊฤ Figure 1 ͳͲͷղੳύΠϓϥΠϯΛఆʣ 1) Ϛϧν৫σʔλΛߴ࣍ݩςϯιϧͱͯ͠ߏங 2) HOSVD Ͱղ
ˠ ಛҟϕΫτϧ͔ΒมಈྔେͷҨࢠ Λબ 3) બҨࢠΛΤϯϦονϝϯτղੳ͠ɺؔ࿈࣬ױɾܦ࿏ Λ୳ࡧ Taguchi & Turki (MDPI) SIGBIO81 2025 ݄̏̒ 6 / 18
σʔλͱղੳͷྲྀΕ ϞσϧಈɿϥοτʢපϞσϧ vs. ରরʣ3 ৫ʢ؊ଁɺےɺࢷʣʷ ෳि ʷ 2 ܥ౷ ˠ
6 ࣍ݩԽ ςϯιϧߏஙɿҨࢠ (∼ 31k) ʷ ि ʷ ݸମ ʷ ॲஔ (ප/ରর) ʷ ܥ౷ ʷ ৫ HOSVD Λద༻͠ɺओཁมಈΛநग़ มಈྔ͕େ͖͍Ҩࢠʢ 2542 ϓϩʔϒʣΛબ ˠ Enrichr Ͱػೳूղੳ Taguchi & Turki (MDPI) SIGBIO81 2025 ݄̏̒ 7 / 18
HOSVDͷ݁ՌʢҰྫɿfigure3.jpgʣ ಛҟϕΫτϧͷՄࢹԽʹΑΓɺͲͷϞʔυʢ࣍ݩʣʹେ͖ ͳมಈ͕͋Δ͔Ѳ͍͢͠ɻ ৫ԣஅతͳओཁ࣠ΛಛఆͰ͖Δͷ͕ TD ͷڧΈɻ Taguchi & Turki (MDPI)
SIGBIO81 2025 ݄̏̒ 8 / 18
݁Ռʢ1/4ʣ ɿղੳख๏ൺֱ ղੳख๏ ༗ҙҨࢠ ے༝དྷ උߟ ఏҊ (TD) ∼2542 ଟ
౷߹ղੳ SAM (৫ผ) ඦఔ গ ৫୯ಠ limma (৫ผ) ेఔ 2 ΄Ͳ ৫୯ಠ ComBat + ղੳ ඦఔ গ όονิਖ਼ TD ैདྷख๏ΑΓൣғͳҨࢠΛݕग़͠ɺےͰͷมಈΛଊ͑ ͍͢ɻ ౷߹ղੳͳΒͰͷ༏Ґੑ͕ࣔࠦ͞ΕΔɻ Taguchi & Turki (MDPI) SIGBIO81 2025 ݄̏̒ 9 / 18
݁Ռʢ2/4ʣ ɿϕϯਤʹΑΔॏෳൺֱ ʢจதϕϯਤྫɿ৫ผղੳ DEGs ͱ TD બҨࢠͷൺֱʣ Taguchi & Turki
(MDPI) SIGBIO81 2025 ݄̏̒ 10 / 18
݁Ռʢ3/4ʣ ɿؔ࿈࣬ױͷΤϯϦονϝ ϯτ Taguchi et al., Genes 2022, 13(6), 1097,
Figure 2 (ྫ) Taguchi & Turki (MDPI) SIGBIO81 2025 ݄̏̒ 11 / 18
݁Ռʢ4/4ʣ ɿؔ࿈࣬ױͷΤϯϦονϝ ϯτ நग़ͨ͠Ҩࢠ܈ͷΤϯϦονϝϯτղੳͰɺපੑ৺ ےͷ΄͔ɺϓϦΦϯප, ύʔΩϯιϯප, ΞϧπϋΠϚʔ ප্͕Ґώοτɻ පͱਆܦมੑ࣬ױͷؔ࿈ੑΛࢠϨϕϧͰࣔࠦ͠ɺے ৫ͷҨࢠมಈ͕ؔ༩͍ͯ͠ΔՄೳੑ͕ු্ɻ
ैདྷͷ୯Ұ৫ղੳͰಘΒΕͳ͍༨පͷख͕͔ΓΛಘΒ ΕΔ͕ TD ͷڧΈɻ Taguchi & Turki (MDPI) SIGBIO81 2025 ݄̏̒ 12 / 18
ߟɿපͱਆܦมੑ࣬ױͷؔ࿈ පΞϧπϋΠϚʔපύʔΩϯιϯපͳͲ ਆܦมੑ࣬ױͷϦεΫҼࢠͱ͞ΕɺઌߦݚڀͰ ँɾԌɾϛτίϯυϦΞػೳͷؔ࿈͕ࣔࠦ͞ Ε͍ͯΔɻ ຊݚڀͷ TD ղੳͰநग़͞ΕͨҨࢠ܈ɺ͜͏ ͨ͠ँܦ࿏ਆܦػೳʹ͔͔ΘΔࢠΛଟ͘ ؚΉɻ
౷߹ղੳͳΒͰͷҬతͳҨࢠબൈ͕ɺࢠ ج൫ͷڞ௨ੑΛ۩ମతʹࣔͨ͠ҙٛେ͖͍ɻ Taguchi & Turki (MDPI) SIGBIO81 2025 ݄̏̒ 13 / 18
Ԡ༻Մೳੑ ຊΞϓϩʔνපҎ֎ʹɺෳ࣬ױؒͷະ ͷؔ࿈ੑΛൃ۷͢Δͷʹ༗ޮɻ େنͳϚϧνΦϛΫεʢήϊϜ, τϥϯεΫϦ ϓτʔϜ, ϝλϘϩʔϜ ʣʹର֦ͯ͠ுͰ͖ɺ ༀඪత୳ࡧϦεΫ༧ଌʹԠ༻Մೳɻ γϯάϧηϧղੳ࣌ܥྻղੳͱΈ߹ΘͤΔ͜
ͱͰɺΑΓৄࡉͳපଶਐߦͷࢠϝΧχζϜ͕໌ Β͔ʹͳΔ༨͕͋Δɻ Taguchi & Turki (MDPI) SIGBIO81 2025 ݄̏̒ 14 / 18
݁ Ϛϧν৫ͷҨࢠൃݱΛςϯιϧղͰ౷߹ղ ੳ͢Δ͜ͱͰɺපͷ༨පʢਆܦมੑ࣬ױͳ ͲʣΛཏతʹਪఆͰ͖ΔՄೳੑΛࣔͨ͠ɻ ैདྷख๏Ͱݟಀ͞ΕΔے৫ͷҨࢠมಈ ͕ɺਆܦมੑܦ࿏ͷΤϯϦονϝϯτʹد༩ɻ ౷߹ղੳ୯ҰղੳΑΓ͍ࢹͰ࣬ױؔ࿈ ࢠΛநग़͠ɺࢠج൫ͷڞ௨ੑΛղ໌͢Δ্Ͱ༗ ྗͳख๏ͱͳΔɻ Taguchi
& Turki (MDPI) SIGBIO81 2025 ݄̏̒ 15 / 18
ࠓޙͷల ຊख๏ͷྟচԠ༻ɿώτױऀ༝དྷϚϧνΦϛΫε σʔλΛ౷߹͠ɺ༨පϦεΫධՁݸผԽ࣏ྍઓ ུܨ͛Δɻ ଞ࣬ױͷΈ߹Θͤʢ͕Μʴ໔Ӹ࣬ױͳͲʣͰͷ ૬ޓؔ࿈ղੳʹల։Մೳɻ ࣌ܥྻγϯάϧηϧϨϕϧͰͷղੳɺػցֶश ͱͷ࿈ܞͳͲɺଟ֯తΞϓϩʔνʹΑΓਫ਼៛Խ͕ ظ͞ΕΔɻ Taguchi
& Turki (MDPI) SIGBIO81 2025 ݄̏̒ 16 / 18
ࢀߟจݙ I Taguchi, Y.-H.; Turki, T. Genes 2022, 13(6), 1097.
https://www.mdpi.com/2073-4425/13/6/1097 Taguchi, Y.-H.; Turki, T. (Supplementary Materials), https://www.mdpi.com/article/10.3390/genes13061097/s1 Taguchi & Turki (MDPI) SIGBIO81 2025 ݄̏̒ 17 / 18
͝ਗ਼ௌ͋Γ͕ͱ͏͍͟͝·ͨ͠ ࣭͍͟͝͝·͔͢ʁ Taguchi & Turki (MDPI) SIGBIO81 2025 ݄̏̒ 18
/ 18