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Container, Cloud, and HPC

Container, Cloud, and HPC

DBCLSでのコンテナ・クラウド活用紹介 in 第一回 HPC-OPS 研究会 https://bit.riken.jp/2018/02/1st-hpc-ops-mtg/

Tazro Inutano Ohta

March 13, 2018
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Transcript

  1. 話すこと 話題提供 科学研究の現場におけるインフラについて 広く浅く キー ワー ド オンプレ (and|or) クラウド

    HPC をクラウドで拡張する コンテナによるアプリケー ションの可搬性と再現性の向上
  2. WebApp hosting on DBCLS 約30 ほどのウェブアプリケー ション 従来は全て自前のウェブサー バで 計算機の管理コスト削減、

    停電対策のため商用クラウド利用を開始 課題 コスト 長期に維持するならオンプレの方が安い場合も 特にストレー ジと転送料金が高い セキュリティ クラウド扱える人材 ベンダー ロックイン 何をクラウドで、 何をオンプレでホストするか?
  3. 事例: ChIP‑Atlas 世界中から集まる公開済み実験デー タを統一基準で再解析 http://chip‑atlas.org 再解析したデー タを使ったデー タ分析ツー ルを提供 ユー

    ザデー タとの比較 関連するデー タの検索 デー タサイズが巨大 FTP サー バのファイル合計20TB 程度 毎月更新 現在70,000 件ほどの実験デー タを公開 NBDC のDB アー カイブを利用 研究デー タ公開用アー カイブサー ビス
  4. HPC x Cloud 遺伝学研究所スー パー コンピュー ター システム スパコン? でかいクラスタマシン

    分散ジョブ実行システム (Univa Grid Engine) 大型共有ストレー ジ (lustre) と 共有メモリ (max 10TB) 商用クラウドと接続 混雑時に分散できる ウェブサー バが建てられる ゲノムブラウザ Jupyter notebook クラウドの料金はユー ザが負担 ( 請求書払いが可能) 興味のあるユー ザの方は問い合わせを
  5. NIG SC to Cloud 1. ユー ザが reseller に登録すると IAM

    ユー ザが作成される 2. ユー ザはNIG スパコンにログインしスクリプトを実行 3. デー タのコピー とEC2 へのログインが実行される
  6. Container metrics 1. Telegraf が同一ホスト上のコンテナによるリソー ス消費を記録 2. fluentd が elasticsearch

    にログを貯める 3. CWL のワー クフロー メタデー タをelasticsearch にロー ド 4. kibana で可視化、elasticsearch でメタデー タの全文検索が可能
  7. Monthly Meetup の勧め 研究者の数に対してインフラを( やりたい| やれる| やる) 人は少ない 結託すべし 既に誰かが悩んだことで悩んではいけない

    月に一度、 組織の垣根を超えて共同作業する日があるとよい SPARQLthon Galaxy meetup Workflow meetup 研究は競争かもしれないが、 インフラはオー プンに