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The Sequence Read Archive search system to make...

The Sequence Read Archive search system to make use of public high-throughput sequencing data

2018/11/29 MBSJ2018 ワークショップ
「いかにして公共データベースを生命科学研究に活用するか?」

公共データベースに登録されたNGSデータを検索・活用する
大田達郎, 仲里猛留, 坊農秀雅
ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS)

Tazro Inutano Ohta

November 29, 2018
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Transcript

  1. 公共デー タベー スに登録されたNGS デー タを 検索・ 活用する 大田達郎, 仲里猛留, 坊農秀雅

    ライフサイエンス統合デー タベー スセンター (DBCLS) 2018/11/29 MBSJ2018 ワー クショップ 「 いかにして公共デー タベー スを生命科学研究に活用するか?」
  2. 来場者アンケー ト NGS 使ってますか DDBJ にNGS デー タを登録したことがありますか デー タの解析を自分でやりますか、

    人に任せますか 公共のNGS デー タを 検索したことがありますか 使って解析したことがありますか それで論文書けましたか
  3. Agenda Sequence Read Archive (SRA) について SRA デー タ検索の問題点 DDBJ

    Search の実装 SRA デー タを用いたアプリケー ションの紹介 まとめ
  4. Sequence Read Archive (SRA) について いわゆる NGS デー タを収載する公共デー タレポジトリ

    INSDC が運用 INSDC: International Nucleotide Sequence Database Collaboration 米国NCBI + 欧州EBI + 日本DDBJ 研究者が登録するもの 配列デー タ (FASTQ, BAM, etc.) 実験やサンプルについての記述 ( メタデー タ)
  5. SRA デー タを用いたアプリケー ションの紹介 Name Org SeqApp Organisms Quanto DBCLS

    FastQC All RefEx DBCLS RNA‑Seq Human, Mouse, Rat ARCHS4 Mount Sinai RNA‑Seq Human, Mouse ChIP‑Atlas Kyushu‑ Univ. ChIP‑Seq, DNase‑ Seq Human, Mouse, Rat, Fluit fly, Roundworm, Yeast MicrobeDB.jp NIG Metagenome, Meta‑16S, Meta‑ transcriptome
  6. Quanto SRA デー タのクオリティ統計値 詳しくは BioDB2 ( 統合DB DBCLS) のブー

    スへ http://data.dbcls.jp/~inutano/fastqc/ https://doi.org/10.1093/gigascience/gix029
  7. ChIP‑Atlas SRA のChIP‑Seq/DNase‑Seq を解析、Enrichment analysis も 詳しくは BioDB9 ( 統合DB

    九州大学) のブー スへ https://chip‑atlas.org https://doi.org/10.15252/embr.201846255