BMS Molecular Translation 3rd place solution

BMS Molecular Translation 3rd place solution

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1. 2021.06. DS輪講 Kazuki Fujikawa 株式会社ディー・エヌ・エー ＋ 株式会社 Mobility Technologies Kaggle Competition: Bristol-Myers Squibb Molecular Translation 3rd place solution Team: kyamaro (KF + lyakaap + camaro)
2. ▪ コンペティション概要 ▪ ベースライン ▪ Solution AGENDA
3. ▪ コンペティション概要 ▪ ベースライン ▪ Solution AGENDA
4. ▪ 薬品などに有用な化学構造は論文・特許で公開される ▪ 古い出版物にはInChIなどの機械で読める記述が無く、検索が困難 ▪ 検索が可能になると、車輪の再発明を防げたり、データマイニング で新たな化学構造を見つける助けになる ▪ 既存の構造式OCRツールは性能に課題がある ▪ 古い出版物は画像に破損が含まれている場合が多い コンペティション概要: 背景 破損が含まれる画像に対しても適用可能な化合物OCRを作りたい
5. ▪ 与えられた化学構造画像に対するInChIを推定する コンペティション概要: タスク InChI=1S /C13H20OS /c1-9(2)8-15-13-6-5-10(3)7-12(13)11(4)14 /h5-7,9,11,14H,8H2,1-4H3 入力: モノクロ画像 出力: InChIテキスト（改行は不要）
6. ▪ 与えられた化学構造に対するInChIを推定する コンペティション概要: タスク InChI=1S /C13H20OS /c1-9(2)8-15-13-6-5-10(3)7-12(13)11(4)14 /h5-7,9,11,14H,8H2,1-4H3 入力: モノクロ画像 出力: InChIテキスト（改行は不要） InChIの規格を表すレイヤー “1”: version “S”: standard （今回のデータセットは全てInChI=1S）
7. ▪ 与えられた化学構造に対するInChIを推定する コンペティション概要: タスク InChI=1S /C13H20OS /c1-9(2)8-15-13-6-5-10(3)7-12(13)11(4)14 /h5-7,9,11,14H,8H2,1-4H3 入力: モノクロ画像 出力: InChIテキスト（改行は不要） 化学式レイヤー 分子を構成する原子とその個数を記述
8. ▪ 与えられた化学構造に対するInChIを推定する コンペティション概要: タスク InChI=1S /C13H20OS /c1-9(2)8-15-13-6-5-10(3)7-12(13)11(4)14 /h5-7,9,11,14H,8H2,1-4H3 入力: モノクロ画像 出力: InChIテキスト（改行は不要） 原子の結合情報を表すレイヤー 一貫するルールに基づいて原子に番号を振り、 分岐は括弧書きで表しながら1列の文字列で表す e.g. 1番の次は9番、分岐して2番、戻って8番、... 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15
9. ▪ 与えられた化学構造に対するInChIを推定する コンペティション概要: タスク InChI=1S /C13H20OS /c1-9(2)8-15-13-6-5-10(3)7-12(13)11(4)14 /h5-7,9,11,14H,8H2,1-4H3 入力: モノクロ画像 出力: InChIテキスト（改行は不要） 各原子が保有する水素の数を表すレイヤー /hは接頭語、5-7, 9, 11, 14番の原子は1個の水素、 8番に2個の水素、1-4番に3個の水素が付いている ことを表す 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15
10. ▪ 与えられた化学構造に対するInChIを推定する コンペティション概要: タスク InChI=1S /C13H20OS /c1-9(2)8-15-13-6-5-10(3)7-12(13)11(4)14 /h5-7,9,11,14H,8H2,1-4H3 入力: モノクロ画像 出力: InChIテキスト（改行は不要）
11. ▪ 編集距離（Levenshtein distance）で評価 ▪ 推定InChIからGT InChIへ変換するのに必要な最小の編集回数 ▪ 編集: ”置換”, ”削除”, “追加” ▪ ex. kitten → sitting: 編集距離3 1. kitten → sitten（replace k → s） 2. sitten → sittin（replace e → i） 3. sittin → sitting（append g） コンペティション概要: 評価
12. ▪ コンペティション概要 ▪ ベースライン ▪ Solution AGENDA
13. ▪ 一般的な Image captioning タスクのフレームワークで、 InChIを単なる文字列と考えて系列生成 ▪ レイヤー毎に意味合いは異なるが、予想以上に上手くいく ▪ EffnetなどのCNNベースよりも、TransformerベースのEncoderの方が 明確に性能が良かった（弊チーム調べ） ▪ 今回のタスクは、”何が” “どこに” 写っているのかを Decoder に伝える 必要があったので、TransformerベースのEncoderの方が有利だった？ ベースライン: Image captioning framework Image Encoder Transformer Decoder InChI=1S /C13H20OS ...
14. ▪ Transformer in Transformer (TNT) をEncoderとして利用する ことが有効であることがシェアされていた（by hengck23） ▪ TNT: 通常のViTのフレームワークに加え、ピクセル間の関係性も Transformerでエンコードする（ViTは線形写像） ベースライン: TNT Encoder Patch Transformer Pixel Transformer Pixel Transformer Pixel Transformer ... ... ... ... Decoderから参照
15. ▪ 今回のタスクでは、”何も写っていない領域” を抽出しやすい ▪ 何か写ったパッチに絞ってTNTを適用（by hengck23） ▪ → 計算コスト・GPUメモリ削減に繋がり、解像度拡大を容易にした ベースライン: TNT Encoder with variable patches（CV:1.30, LB:2.35） Patch Transformer Pixel Transformer Pixel Transformer Pixel Transformer ... ... ... ... Decoderから参照
16. ▪ 生成したInChIをRDKitで標準化（by nofreewill） ▪ MolToInchi(MolFromInchi(inchi)) を実行 ▪ 原子に対する番号振り間違い程度であれば、この処理で標準化が可能 ベースライン: RDKit normalization（後処理） InChI=1S /C9F5NO /c10-4-5(11)7(13)9(15-2-1-3-16)8(14)6(4)12 InChI=1S /C9F5NO /c10-4-5(11)7(13)9(8(14)6(4)12)15-2-1-3-16
17. ▪ コンペティション概要 ▪ ベースライン ▪ Solution AGENDA
18. Phase1: Image Captioning学習 • Swin Transformer • Salt & pepper noise • Focal loss • Train longer Phase2: InChI候補生成 • Beam search • Logit ensemble Phase3: InChI候補リランキング • RDKit標準化の利用 • 複数モデルで再評価 Solution: Overview
19. Solution: Overview Phase1: Image Captioning学習 • Swin Transformer • Salt & pepper noise • Focal loss • Train longer Phase2: InChI候補生成 • Beam search • Logit ensemble Phase3: InChI候補リランキング • RDKit標準化の利用 • 複数モデルで再評価
20. ▪ CV-LBギャップが大幅に改善（CV: 1.23, LB: 1.43） ▪ TNT（CV: 1.30, LB: 2.18）と比較すると顕著 ▪ ちょうど論文読み会の順番が回ってきたので、Swin Transformerを 勉強してみたが、原因はよくわからず Phase1: Swin Transformer Encoder（LB:2.18→LB:1.43） https://www.slideshare.net/DeepLearningJP2016/dlswin-transformer-hierarchical-vision-transformer-using-shifted-windows
21. ▪ SwinはCV-LBが一貫していたため、Swinの生成結果をGTだと 考えた時の、TNTとのLevenshteinを比較 ▪ Valid: 1.02・Test: 2.16と、2モデル間でもギャップがあることを確認 ▪ Levenshteinが大きい順に、Valid / Test を見比べた ▪ （当然だが）Valid / Test 共に、サイズの大きい化合物が目立つ ▪ Testの方は、ごま塩ノイズが特に目立っていた Phase1: Swin ⇔ TNT 間の生成結果の比較 Levenshtein最大化合物（valid） Levenshtein最大化合物（test）
22. ▪ 同じ学習済みモデルに対し、testをデノイズして予測させる ▪ ある点を中心とする正方形中に、一つも黒点がなければ白に置き換える ▪ 再訓練していないにも関わらず、CV-LB Gapが激減 ▪ ただし、デノイズで重要な点を削ってしまうこともあり、CVも少し 悪化していた Phase1: ごま塩をデノイズして予測（LB: 2.18→1.26） ノイズ除去◦ ノイズ除去☓ デノイズフィルタ（k=5）概要 Model CV LB TNT 1.13 2.18 +denoise (k=3) 1.69 1.71 +denoise (k=5) 1.22 1.26 +denoise (k=7) 1.17 1.32
23. ▪ 訓練時、ごま塩をランダムに追加して学習 ▪ （解像度拡大も同時にしたので差分がわかりづらいが） デノイズ無しでも CV-LB Gap が解消された Phase1: 訓練時にごま塩追加（+解像度拡大）（LB: 1.26→1.06）
24. ▪ 今回のタスクでは、大多数のサンプルが完全一致で当てられており、 一部のサンプルで大きなLossが生じる状態になっていた ▪ 参考: Swin Transformer（CV: 0.98, LB: 0.99） ▪ Levenshtein=0: 87% ▪ Levenshtein=1: 7% ▪ … ▪ Focal Lossで、簡単なサンプルに対するLoss の影響を小さくすることで、学習効率が向上 ▪ Phase1: CE Loss → Focal Loss Levenshtein分布（Logスケール）
25. ▪ Camaroさんとチームマージした際、CVの差に衝撃を受けた ▪ Best single (Camaro): CV=0.66, LB=0.87 ▪ Best single (KF): CV=0.98, LB=0.99 ▪ 主要因はepoch数ではないかと推測 ▪ Camaro: 25-50 epoch (TPU 7days?) ▪ KF: 10 epoch (A100 7days) ▪ Train/Valid lossが共通して単調減少していたので未学習気味とは 思っていたが、他モデルの検証を優先して試せていなかった ▪ 3 epoch追加学習するとCV=0.98 → 0.91に改善 ▪ もっと長くするともっと伸びそう... ▪ とはいえ計算コスト的に辛いので、TPU使っておけばよかったか... Phase1: Train longer
26. ▪ Encoder: ▪ Swin-transformer（size=384x384） ▪ EfficientNet-v2の後段にViTをくっつけたもの（size=448x448） ▪ Patch embeddingにCNNを使うイメージ ▪ Decoder: ▪ 三層のtransformer ▪ これ以上深くすると学習が不安定に ▪ 画像のresizeにPIL.Image.resizeを使う ▪ cv2.resizeなどよりもPILの方が劣化が少ないらしい（参考） ▪ Pseudo labelを使ったfine tuning ▪ CV/LBのギャップを埋めるのに貢献。CV/LBも0.3ほどスコア向上。 ▪ Sequence bucketingによる学習の高速化 Phase1: lyakaap part
27. Solution: Overview Phase1: Image Captioning学習 • Swin Transformer • Salt & pepper noise • Focal loss • Train longer Phase2: InChI候補生成 • Beam search • Logit ensemble Phase3: InChI候補リランキング • RDKit標準化の利用 • 複数モデルで再評価
28. ▪ Phase3でリランキングを行うため、Phase2では良質で多様な 候補を生成する必要があった ▪ 一つの手段としてBeam Searchを利用 ▪ 候補が格段に増え、Greedyの生成結果と組み合わせて Phase3 の ロジックを適用することで、スコアが大きく改善された ▪ 特に難しいサンプルに対してビーム幅を広げて（Beam=32など） 生成することで、効率的に候補追加を行うことができた（by lyakaap） Phase2: Beam Search InChI=1S/C13H20OS… InChI=1S/C13H21OS… InChI=1S/C11H21OS… InChI=1S/C12H20OS... Model CV Swin (beam=1) 0.98 Swin (beam=4) 0.93 Swin (beam=1+4) 0.87
29. ▪ 各トークン予測に使うロジットをアンサンブル ▪ Swin, TNT の2モデルだけでも割と多様性があり、アンサンブル しながら系列生成することで、より正確に予測できるようになった ▪ ただし、全てのモデルが単一のプログラムで動作する必要があり、 チーム内でモデルをシェアするのは難易度が高かった Phase2: Logit ensemble Model CV Swin (beam=1) 0.98 TNT (beam=1) 1.04 Swin+TNT (beam=1) 0.83 Swin + BERT TNT + BERT logit （vocab≒150） average + 　InChI=1S/C13H input 20 20?21?19? 20?18?
30. Solution: Overview Phase1: Image Captioning学習 • Swin Transformer • Salt & pepper noise • Focal loss • Train longer Phase2: InChI候補生成 • Beam search • Logit ensemble Phase3: InChI候補リランキング • RDKit標準化の利用 • 複数モデルで再評価
31. ▪ RDKit標準化も活用し、結果をリランキングする ▪ InChI生成時、基本的には尤度が大きくなるように生成しているものの、 1文字など些細なミスに対して尤度は甘く出がち ▪ RDKitで標準化すると逆に尤度が低くなるものも存在 ▪ 1文字ミスなどはInChI文法エラーになる場合も多く、RDKitでパース できるかどうか（is_valid={0, 1}）も含めた以下ロジックが強力だった ※ score: cross entropy loss or focal loss Phase3: RDKit標準化の利用
32. ▪ 複数モデルの生成結果を相互レビューさせる ▪ 全InChI候補に対して各モデルでlossを計算し、平均値を利用する ▪ loss値のスケールが合わないモデルに対しては、一度値をランク化 した上で平均を取るようにすることで解決 ▪ 各サンプルに対する尤度を各モデルが推定できれば良いので、 実装が異なっていても活用しやすい Phase3: 複数モデルで再評価 Model (CE) Model (Focal) Average InChI Candidates A B Mean Rank C D Mean Rank Rank InChI=1S/C13H20OS… 0.1 0.9 0.5 3 0.03 0.05 0.04 2 2.5 InChI=1S/C13H21OS… 0.2 0.2 0.2 1 0.02 0.02 0.02 1 1 InChI=1S/C12H20OS... 0.3 0.5 0.4 2 0.01 0.09 0.05 3 2.5 ※ この例では同一のimageに対してRankを取っているが、実際には全imageに対するRankを取っている
33. 最終モデル（一部） Member Model CV LB (greedy) LB (reranked) KF Swin large (384x384) + PL 0.90 0.89 0.79 TNT (512x1024) + PL 0.97 0.99 0.87 lyakaap Swin base (384x384) + PL 0.92 0.85 0.74 Swin base (384x384) + PL + focal loss 0.87 0.78 0.70 EffNet-v2 >> ViT (448x448) + PL + focal loss 0.86 0.81 0.70 Camaro EffNetB4 Transformer Decoder (416x736) 0.67 0.87 0.67 EffNetB4 Transformer Decoder (416x736) + PL 0.67 0.73 0.62 EffNetB4 Transformer Decoder (416x736) + Noise 0.65 0.84 0.62 EffNetB4 Transformer Decoder (416x736) + Noise/Denoise 0.83 0.77 0.61
34. ▪ Train/Test Gapの発見が一つの鍵だった ▪ 意外と上位でも見抜いているチームは少なかったぽい？ ▪ データ規模が大きい場合は特にTPUが有効 ▪ Pytorchで不自由無く使える世の中になってほしい... ▪ 多様なモデルで候補生成 + リランキングの形式が上手くいった ▪ 基本的に、候補・モデル共に、足せば足すほど伸びていった。 ▪ 特にcamaroさんと混ぜた時に急激に伸びた。多様性重要。 ▪ ビームサーチで尤度最大になる経路（InChI）を探しているはず だが、別モデルの出力を持ってきた方が尤度的にも優れていた ▪ 枝刈りが強すぎて有望なパスを見落としている可能性？ ▪ 計算コスト的に難しいが、MCTS的に探索できるとより良かったかも？ まとめ