TokyoR#107_R_GeoData

第107回Tokyo.Rでトークした際の資料です。

Transcript

1. #107 @kilometer00 2023.03.15 BeginneR Session R & Geostatistics
2. Who！？ Who?
3. Who！？ 名前： 三村 @kilometer 職業： 特任教員 (こうがくはくし) 専⾨： ⾏動神経科学(霊⻑類) 脳イメージング 医療システム⼯学 R歴： ~ 10年ぐらい 近況: 3 & 0歳児, あたらしい職場
4. 宣伝!!（書籍の翻訳に参加しました。） 絶賛販売中！ 増刷出来!!
5. → スライド資料は全てSpeakerDeckで公開しています。 Tokyo.Rでいっぱい話してきました。
6. BeginneR Session
7. BeginneR
8. Before After BeginneR Session BeginneR BeginneR
9. BeginneR Advanced Hoxo_m If I have seen further it is by standing on the shoulders of Giants. -- Sir Isaac Newton, 1676
10. @kilometer00 BeginneR Session R & Geostatistics
11. □ Rの基本 □ Geostatisticsの基本
13. IEEE Spectrum’s Top Programming Languages 2022 https://spectrum.ieee.org/top-programming-languages-2022
14. https://spectrum.ieee.org/top-programming-languages-methods
15. https://spectrum.ieee.org/top-programming-languages-methods
17. TIOBE Index for July 2023 https://www.tiobe.com/tiobe-index/
18. https://www.tiobe.com/tiobe-index/
19. https://twitter.com/hadleywickham/status/1279405379449913344?s=20
20. https://gist.github.com/daroczig/ Number of R packages ever published on CRAN
21. https://cran.r-project.org/web/packages/ The Comprehensive R Archive Network (CRAN)
22. h"ps://www.datasciencemeta.com/rpackages
23. ① 興味を持つ ③ 周りを⾒渡す。 ④ 隣⼈がみつかる。 ② 始めてみる。 ⑤ 隣の芝が⻘く⾒える。 ⑥ 始めてみる。 無駄にはならない （賢く⽴ち回ろうとして、外から恐る恐る⾒てるより、⼿を動かして始めてみよう） ⼈⽣は有限で⻘春は瞬きかもしれないけど、⼤丈夫。 プログラミング⾔語の2つや3つを学ぶ時間ぐらいある。
24. の始め⽅ 1. Rをインストール 2. RStudioをインストール https://www.r-project.org/ https://posit.co/download/rstudio-desktop/
25. の始め⽅ 3. RStudioを⽴ち上げる 4. 新規プロジェクトを作る 6. tidyverseをインストール install.packages(“tidyverse”) 5. 新規スクリプトを開く File -> New Project... ⌘ ⇧ N
26. ① ここにRのコードを書く ② 選択して実⾏(⌘↩) ③ 実⾏結果が表⽰ スクリプト → 名前をつけて保存 コンソール RStudioの操作
27. ① ここにRのコードを書く ② 選択して実⾏(⌘↩) ③ 実⾏結果が表⽰ スクリプト → 名前をつけて保存 コンソール 環境変数などが表⽰ ファイル/プロット/ヘルプなど ⾃動で反映 RStudioの操作
28. の始め⽅ おすすめパッケージ達 ・ tidyverse (データ科学総合ツール) ・ data.table (大きいデータ取り扱うなら) ・ cmdstanr (ベイズ統計やるなら) ・ patchwork (データ可視化やるなら) 最初から全部いれる必要はないよ！
29. の基本
30. 例えばExcelでは、 セルの内部に関数を書いて 結果だけを表⽰する
31. 例えばExcelでは、 セルの内部に関数を書いて 結果だけを表⽰する どこまでが共通の属性なのか 直感的な配置から読み取る
32. の基本 a <- 5 x <- 1:5 y <- a * x 代⼊演算⼦ オブジェクト コード
33. 選択して実⾏(⌘↩) ⾃動で反映 実⾏内容 書く
34. の基本 Q. オブジェクトの中⾝が⾒たい時はどうするの？ A. オブジェクト名だけを選択して実⾏します。
35. 実⾏(⌘↩)
36. の基本 Q. オブジェクトの中⾝が⾒たい時はどうするの？ A. オブジェクト名だけを選択して実⾏します。 Q. 既にある表データをRに読み込みたいんですが？ A. read_csv()関数を使います。
37. の基本 path <- “data/Book1.csv” read_csv(path)
38. 実⾏(⌘↩) エラー：そんな関数ないよ
39. Don’t worry!!!
40. の基本 CRAN The Comprehensive R Archive Network
41. install.packages(“tidyverse”) の基本 1. パッケージのインストール 2. インストールされたパッケージを使う library(tidyverse)
42. 実⾏(⌘↩) 読み込めたけど... コレとコレ は省きたい (データじゃない)
43. Don’t worry!!!
44. の基本 library(tidyverse) path <- “data/Book1.csv” read_csv(path)
45. の基本 library(tidyverse) path <- “data/Book1.csv” read_csv(path, skip = 2)
47. いちいちcsvに出⼒するの⾯倒だから エクセルファイルのまま読み込みたいなぁ。
48. Don’t worry!!!
49. library(tidyverse) path <- “data/Book1.xls” read_xlsx(path, skip = 2) の基本
50. エラー：そんな関数ないよ
51. Don’t worry!!!
52. library(tidyverse) library(readxl) path <- “data/Book1.xls” read_xlsx(path, skip = 2) の基本
53. そんな名前のファイル無いよ
54. 無いことないだろ！！！？？ さっき作ったばっかりだぞ！！
55. 無いことないだろ！！！？？ さっき作ったばっかりだぞ！！ ほら！！！！！！
56. 無いことないだろ！！！？？ さっき作ったばっかりだぞ！！ ほら！！！！！！ 😇 ほら...ぁ...
57. library(tidyverse) library(readxl) path <- “data/Book1.xlsx” read_xlsx(path, skip = 2) の基本
58. 😇 できた
59. プログラムは思った通りには動かない。 書いた通りに動くのだ。 誰が⾔ったか知らないが、
60. 表データの加⼯と可視化の概観 Long Wide Nested plot Figures Data table read_csv write_csv pivot_longer pivot_wider group_nest unnest ggplot ggsave wrap_plots map
61. □ Rの基本 □ Geostatisticsの基本 ✔
62. データ視覚化の⼈類史 グラフの発明から時間と空間の可視化まで Michael Friendly Howrad Wainer 飯嶋貴⼦ (訳) ⻘⼟社, 2021
63. データ視覚化の⼈類史 グラフの発明から時間と空間の可視化まで Michael Friendly Howrad Wainer 飯嶋貴⼦ (訳) ⻘⼟社, 2021 何かを理解しようとするならば、 その始まりと推移を観察しなさい -- アリストテレス『形⽽上学』 本書 p.21
64. 主題図 Thematic map テーマに対して、必要な主題データを利⽤して分析した結果や、 複数の主題データを重ね合せて表現した地図 h"ps://www.esrij.com/gis-guide/maps/thema6c-map/ h"ps://www.ny6mes.com/interac6ve/2016/06/24/world/europe/how-britain-voted-brexit-referendum.html
65. 最初の主題図「新ヨーロッパ地図」 アウグスト・クローム (独) ⽇本最初の主題地図帳 「⼤⽇本帝国地産要覧図」 最古の世界図 バビロニアの粘⼟版 B.C.700頃 1782 1889 1650頃 近代的な「データ」の概念の確⽴ ジョン・グラント(英) ウィリアム・ペティ(英) 1829 最初の影付き⽐較地図 「教育状況と犯罪数の⽐較統計」 アンドレ=ミシェル・ゲリー(仏) アントニオ・バルビ(仏) 「回帰」概念の確⽴ フランシス・ゴルトン(英) 1886 「散布図」概念の誕⽣ ウィリアム・ハーシェル(英) 1833
66. 最初の主題図「新ヨーロッパ地図」 アウグスト・クローム (独) ⽇本最初の主題地図帳 「⼤⽇本帝国地産要覧図」 最古の世界図 バビロニアの粘⼟版 B.C.700頃 1782 1889 1650頃 近代的な「データ」の概念の確⽴ ジョン・グラント(英) ウィリアム・ペティ(英) 1829 最初の影付き⽐較地図 「教育状況と犯罪数の⽐較統計」 アンドレ=ミシェル・ゲリー(仏) アントニオ・バルビ(仏) 「回帰」概念の確⽴ フランシス・ゴルトン(英) 1886 「散布図」概念の誕⽣ ウィリアム・ハーシェル(英) 1833 1482 「形状の緯度について」 ニコラス・オレーム(仏)
67. 「形状の緯度について」ニコラス・オレーム(仏) 1482 “緯度” “経度” 物理量の関数関係の可視化法 Wikipedia-en
68. 𝑋 𝑌 𝑦! 𝑥! 𝑦" 𝑥" 𝑋 𝑌 𝑥! 𝑥" 𝑦! 𝑦" σʔλՄࢹԽ ࣸ૾ mapping
69. ࣮ଘ ࣸ૾ʢ؍࡯ʣ σʔλ ࣸ૾ʢσʔλՄࢹԽʣ άϥϑ 𝑋 𝑌 𝑦! 𝑥! 𝑦" 𝑥" 𝑋 𝑌 𝑥! 𝑥" 𝑦! 𝑦" EBUB mapping σʔλՄࢹԽ
70. 写像 (mapping) 𝑓: 𝑋 → 𝑌 𝑋 𝑌 ある情報の集合の要素を、別の情報の集合の ただ1つの要素に対応づけるプロセス
71. 「ナポレオンの⾏進」シャルル・ジョセフ・ミナール, 1812 -- これは、かつて作成された統計グラフィックのなかで最良のものと⾔えるだろう by エドワード・タフテ, 1983 ・地理情報（経度, 緯度）・軍の規模 ・軍の移動⽅向 ・気温
72. □ Rの基本 □ Geostatisticsの基本 ✔ ✔
73. Enjoy!!