R入門の入門 / 2018methoken-R-workshop

LET関西支部メソドロジー研究部会2018年度第1回研究会にて行ったR入門者講習のスライドです。

Transcript

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87. • ͱͯ͠΋͍͍͕… ؔ਺ 87 ߦྻΛ࡞੒͢Δmatrixؔ਺ 1 5 9 13 2 6 10 14 3 7 11 15 4 8 12 16 matrix(c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,+ 10,11,12,13,14,15,16),nrow=+ 4,ncol=4) matrix(1:16,nrow=4,ncol=4) 1:16͸ʮ1͔Β16·Ͱʯ ͱ͍͏ҙຯʹͳΔ
88. • ฒ΂ํΛߦํ޲༏ઌʹ͍ͨ͠৔߹ ؔ਺ 88 ߦྻΛ࡞੒͢Δmatrixؔ਺ matrix(1:16,nrow=4,ncol=4,byrow=T) 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16
89. • ͜Ε͚ͩͰ͸ɼߦྻΛ͋ͱͰ࢖͏͜ͱ͕ෆՄೳ ؔ਺ 89 ߦྻͷཁૉʹΞΫηε >matrix(1:16,nrow=4,ncol=4,byrow=T) [,1] [,2] [,3] [,4] [1,] 1 5 9 13 [2,] 2 6 10 14 [3,] 3 7 11 15 [4,] 4 8 12 16
90. • hyouͱ͍͏ม਺ʹอଘ • ม਺ʹอଘ͢Δͱɼmatrixؔ਺Λ࣮ߦͯ͠΋ߦྻ ͕ίϯιʔϧʹදࣔ͞Ε·ͤΜ͕ͦΕͰOK • ໋ྩΛ࣮ߦͯ͠ɼR͕͓ͱͳ͍͠ͱ͖͸͏·͘ ͍͍ͬͯ·͢ ؔ਺ 90 ߦྻͷཁૉʹΞΫηε >hyou<-matrix(1:16,nrow=4,ncol=4,byrow=T)
91. • 2ߦ໨ʹΞΫηε->hyou[2,] • 2ྻ໨ʹΞΫηε->hyou[,2] ؔ਺ 91 [,1] [,2] [,3] [,4] [1,] 1 2 3 4 [2,] 5 6 7 8 [3,] 9 10 11 12 [4,] 13 14 15 16 ߦྻͷཁૉΛऔΓग़͢
92. • 2ߦ໨ʹΞΫηε->hyou[2,] • 2ྻ໨ʹΞΫηε->hyou[,2] ؔ਺ 92 > hyou[2,] [1] 5 6 7 8 > hyou[,2] [1] 2 6 10 14 ߦྻͷཁૉΛऔΓग़͢
93. • ෳ਺ߦɾෳ਺ྻΛ·ͱΊͯऔΓग़͍ͨ͠৔߹͸c ؔ਺Λ࢖͏ʢʮ1ߦ໨͔Β3ߦ໨ʯ౳͸ίϩϯʣ ؔ਺ 93 ߦྻͷཁૉΛऔΓग़͢ >hyou[c(2,4),] #2ߦ໨ͱ4ߦ໨ [,1] [,2] [,3] [,4] [1,] 5 6 7 8 [2,] 13 14 15 16
94. • ߦʢΪϣʔʣ͸ԣɼྻʢϨπʣ͸ॎ • matrix(ཁૉ, nrow, ncolʣ • औΓग़͢ͱ͖͸[]Λ࢖͏ • hyou[2,] #2ߦ໨ • hyou[,2] #2ྻ໨ • hyou[2,2] #2ߦ໨ͷ2ྻ໨ ؔ਺ 94 ߦྻͷ·ͱΊ
95. ʮݱ࣮ͷσʔλݟͨ͜ͱ͋Μ ͷʁͶ͑ʁmatrixؔ਺Ͱଧͪ ࠐΉͷʁഅࣛͳͷʁʯ
96. ʮߦྻ͡Όจࣈͱ͔ѻ ͑ͳ͍Ͱ͠ΐʁʯ
97. σʔλϑϨʔϜ
98. • จࣈ΍਺ࣈͳͲɼܕͷҧ͏σʔλΛදܗࣜͰฒ ΂ͨ΋ͷ • σʔλϑϨʔϜͷಡΈࠐΈʹνϟϨϯδͯ͠Έ· ͠ΐ͏ ؔ਺ 98 σʔλϑϨʔϜܗࣜ
99. • read.table() ؔ਺ • “ϑΝΠϧ໊” • headerɿݟग़͠ߦͷ༗ແ • sepɿ۠੾Γจࣈͷࢦఆ • read.table(“ϑΝΠϧ໊”, header = T or F, sep=“\t”or “,”) • csvϑΝΠϧͷͱ͖͸read.csv()ؔ਺ ؔ਺ 99 ֎෦σʔλͷಡΈࠐΈ ʮλϒʯͷҙຯɻWindows ͳΒ¥t
100. • σʔλɿhttp://bit.ly/R-workshop_20180602 • ϑΝΠϧ -> ܗࣜΛࢦఆͯ͠μ΢ϯϩʔυ->ΧϯϚ۠੾Γͷ஋ ʢcsvɼݱࡏͷγʔτʣ • ϑΝΠϧ໊ͷޙΖͷ΄͏ʹ͋Δʮ - γʔτ1 ʯ͸࡟আ͍ͯͩ͘͠͞ • RStudioͷϓϩδΣΫτϑΝΠϧ͕͋ΔϑΥϧμʹDL • ݸਓతʹ͸ɼExcelͳͲͷγʔτΛಡΈࠐΉ৔߹͸csvϑΝΠϧͱͯ͠ γʔτΛผʹอଘ͢Δ͜ͱΛ͓͢͢ΊʢΫϦοϓϘʔυ͔Βͩͱɼಡ ΈࠐΜͩσʔλ͕ޙ͔ΒΘ͔Βͳ͍ͨΊʣ • ޙʹ࢒͢ඞཁͷͳ͍࡞ۀͳΒɼγʔτͷͳ͔ͷ਺஋Λίϐʔͯ͠ΫϦο ϓϘʔυ͔ΒಡΈࠐΉ ؔ਺ 100 ֎෦σʔλͷಡΈࠐΈ
101. • ࣍ͷΑ͏ͳίʔυͰσʔλΛಡΈࠐΈ • ϑΝΠϧ໊͸””Ͱ͘͘Δ͜ͱ • ϑΝΠϧ໊ʹ֦ுࢠΛඞؚͣΊΔ͜ͱ ؔ਺ 101 ֎෦σʔλͷಡΈࠐΈ dat <- read.table(“XXXX.csv”,header=T, sep=“,”) #·ͨ͸ dat <-read.csv(“XXXX.csv”,header=T)
102. • ಡΈࠐΜͩσʔλͷ਺ߦ͚ͩͰݟ͍ͨ৔߹ʹ͸ head()ؔ਺Λ࢖༻ • head(dat,10)ͷΑ͏ʹɼΧϯϚͰ۠੾ͬͯ೚ҙͷ਺Λ ༩͑Δͱɼͦͷߦ਺෼͚ͩදࣔ • RStudioͳΒӈ্ͷϖΠϯͰdatͱ͍͏ม਺͕࡞ΒΕ ͨ͜ͱ͕֬ೝͰ͖ɼΫϦοΫ͢Δͱத਎͕ݟΕ·͢ ؔ਺ 102 ಡΈࠐΜͩσʔλͷ֬ೝ >dat >head(dat)
103. • meanؔ਺Ͱฏۉ஋ΛٻΊͯΈ·͠ΐ͏ ؔ਺ 103 ಡΈࠐΜͩσʔλʹؔ਺Λద༻ >mean(dat)
104. • ͜͏ͳͬͯ͠·͏… ؔ਺ 104 ಡΈࠐΜͩσʔλʹؔ਺Λద༻ >mean(dat) Warning message: In mean.default(dat) : argument is not numeric or logical: returning NA
105. • meanؔ਺ʹ༩͑ΒΕΔͷ͸ɼϕΫτϧʢ1ߦ·ͨ͸1ྻͷΈʣ • ؔ਺ʹΑͬͯѻ͑Δσʔλͷܕ͕ҧ͏ • dat[,2]ͷΑ͏ʹɼʮdatͷ2ྻ໨ʯͱ͢Δ • datͷޙΖʹ$Λ͚ͭͯɼdat$ClassA_Gr • σʔλϑϨʔϜܗࣜͰ͸$ͷޙʹྻ໊ΛࢦఆͰ͖Δ ؔ਺ 105 ಡΈࠐΜͩσʔλʹؔ਺Λద༻ >mean(dat[,2]) >mean(dat$ClassA_Gr)
106. • ྻ͝ͱʹͰ͖ͳ͍ͷʁʁʁ ؔ਺ 106 ಡΈࠐΜͩσʔλʹؔ਺Λద༻ >mean(dat$ClassA_Gr) >mean(dat$ClassA_Vo) >mean(dat$ClassB_Gr) >mean(dat$ClassB_Vo)
107. • apply()ؔ਺ɿྻ·ͨ͸ߦ͝ͱʹؔ਺Λద༻ • datͷ··ͩͱɼIDྻ·Ͱܭࢉ͞Εͯ͠·͏ • dat[,-1]ͱ͢Δͱɼʮ1ྻ໨͸ൈ͍ͯͶʯͷҙຯ ؔ਺ 107 ಡΈࠐΜͩσʔλʹؔ਺Λద༻ >apply(dat, 2, mean) 1͸ߦ͝ͱɼ2͸ྻ͝ͱ >apply(dat[,-1], 2, mean) ClassA_Gr ClassA_Vo ClassB_Gr ClassB_Vo 74.60 69.96 71.56 73.92
108. Today’s Menu • RͬͯͳΜ΍ͶΜ • RStudioͬͯͷ͕͋ΜͶΜ • ·ͣ͸Πϯετʔϧ΍Ͱ • ΄ͳجຊૢ࡞΍ͬͯΈΑ͔ • ؔ਺ͬͪΎ͏ศརͳ΋Μ͕͋ͬͯͳ • ΄Μ·࡞ਤָͳΜ΍ • ύοέʔδͯ 108
109. • ώετάϥϜ • ࢄ෍ਤ • ശͻ͛ਤ ࡞ਤ 109 ΍ͬͯΈΔ͜ͱ
110. • ώετάϥϜ • ࢄ෍ਤ • ശͻ͛ਤ ࡞ਤ 110 ΍ͬͯΈΔ͜ͱ
111. ࡞ਤ 111 ώετάϥϜ Histogram of dat$ClassA_Gr dat$ClassA_Gr Frequency 55 60 65 70 75 80 85 90 0 1 2 3 4 5 6 7 Histogram of dat$ClassA_Gr dat$ClassA_Gr Frequency 55 60 65 70 75 80 85 90 0 1 2 3 4 5 6 7 >hist(dat$ClassA_Gr)
112. • ώετάϥϜ • ࢄ෍ਤ • ശͻ͛ਤ ࡞ਤ 112 ΍ͬͯΈΔ͜ͱ
113. ࡞ਤ 113 ࢄ෍ਤ Histogram of dat$ClassA_Gr dat$ClassA_Gr Frequency 55 60 65 70 75 80 85 90 0 1 2 3 4 5 6 7 Histogram of dat$ClassA_Gr dat$ClassA_Gr Frequency 55 60 65 70 75 80 85 90 0 1 2 3 4 5 6 7 >plot(dat$ClassA_Gr,dat$ClassA_Vo) ࢄ෍ਤ͸جຊతʹ2ม਺ͷରԠؔ܎ͷਤࣔͳͷͰɼ2ͭ ͷϕΫτϧΛΧϯϚͰ۠੾ͬͯೖྗ
114. ࡞ਤ 114 ࢄ෍ਤͷ޻෉ Histogram of dat$ClassA_Gr dat$ClassA_Gr Frequency 55 60 65 70 75 80 85 90 0 1 2 3 4 5 6 7 Histogram of dat$ClassA_Gr dat$ClassA_Gr Frequency 55 60 65 70 75 80 85 90 0 1 2 3 4 5 6 7 >plot(dat$ClassA_Gr,dat$ClassA_Vo) ࢄ෍ਤ͸جຊతʹ2ม਺ͷରԠؔ܎ͷਤࣔͳͷͰɼ2ͭ ͷϕΫτϧΛΧϯϚͰ۠੾ͬͯೖྗ σϑΥϧτͰ͸x࣠ͱy͕࣠σʔλʹ߹Θ ͤͯઃఆ͞Εͯ͠·͏…
115. ࡞ਤ 115 ࢄ෍ਤͷ޻෉ Histogram of dat$ClassA_Gr dat$ClassA_Gr Frequency 55 60 65 70 75 80 85 90 0 1 2 3 4 5 6 7 Histogram of dat$ClassA_Gr dat$ClassA_Gr Frequency 55 60 65 70 75 80 85 90 0 1 2 3 4 5 6 7 >plot(dat$ClassA_Gr,dat$ClassA_Vo,x lim=c(0,100),ylim=c(0,100)) xlim͸x࣠ͷ෯Λࢦఆ͢Δʢ͜͜Ͱ͸0͔Β100·Ͱʣ ylim͸y࣠ͷ෯Λࢦఆ͢Δʢ͜͜Ͱ͸0͔Β100·Ͱʣ ݟͨ໨͕શવมΘͬͯ·͢ΑͶɻਤࣔ͸ ศརͰ͕͢ɼʮݟͤํʯͰ͍ͣͿΜσʔ λ͕ҧ͏΋ͷͷΑ͏ʹݟ͑ͯ͠·͏ͷͰ ஫ҙ
116. ࡞ਤ 116 ࢄ෍ਤͷ޻෉ Histogram of dat$ClassA_Gr dat$ClassA_Gr Frequency 55 60 65 70 75 80 85 90 0 1 2 3 4 5 6 7 Histogram of dat$ClassA_Gr dat$ClassA_Gr Frequency 55 60 65 70 75 80 85 90 0 1 2 3 4 5 6 7 >plot(dat$ClassA_Gr,dat$ClassA_Vo,x lim=c(0,100),ylim=c(0,100),xlab=“Gr ammar”,ylab=“Vocabulary”) xlab͸x࣠ͷϥϕϧΛࢦఆ͢Δ ylab͸y࣠ͷϥϕϧΛࢦఆ͢Δ
117. • ώετάϥϜ • ࢄ෍ਤ • ശͻ͛ਤ ࡞ਤ 117 ΍ͬͯΈΔ͜ͱ
118. ࡞ਤ 118 ശͻ͛ਤ Histogram of dat$ClassA_Gr dat$ClassA_Gr Frequency 55 60 65 70 75 80 85 90 0 1 2 3 4 5 6 7 Histogram of dat$ClassA_Gr dat$ClassA_Gr Frequency 55 60 65 70 75 80 85 90 0 1 2 3 4 5 6 7 >boxplot(dat[,-1])
119. • RStudio • Export -> Save image or PDF (or Copy to Clipboard) • R • ϑΝΠϧ->ผ໊Ͱอଘ->metafile • อଘͷܗࣜ͸͍Ζ͍Ζબ΂Δ͕ɼmetafile͕͖Ε͍ ͳͷͰ͓͢͢Ίʢͨͩ͠PDFͰมͳઢೖΔͳͲͷ όά͕ىͬͨ͜Γ͢Δʣ ࡞ਤ 119 ඳ͍ͨਤͷอଘ
120. Today’s Menu • RͬͯͳΜ΍ͶΜ • RStudioͬͯͷ͕͋ΜͶΜ • ·ͣ͸Πϯετʔϧ΍Ͱ • ΄ͳجຊૢ࡞΍ͬͯΈΑ͔ • ؔ਺ͬͪΎ͏ศརͳ΋Μ͕͋ͬͯͳ • ΄Μ·࡞ਤָͳΜ΍ • ύοέʔδͯ 120
121. • R͕ఏڙ͍ͯ͠Δύοέʔδ͸ͨͬ͘͞Μ͋Δ • ͍Ζ͍Ζͳ͜ͱΛ΍Ζ͏ͱࢥ͏ͱύοέʔδΛ Πϯετʔϧ͠ͳ͍ͱ͍͚ͳ͍ • Πϯετʔϧͨ͋͠ͱʹԼͷ͓·͡ͳ͍͕ඞཁ ύοέʔδ 121 ศར͞Λ૿΍͢ύοέʔδ >install.packages(“ύοέʔδ໊”) >library(ύοέʔδ໊) library()ؔ਺Ͱ͸””ͳ͠Ͱ͍͚Δ͕ install.packages()ؔ਺͸ແཧͳͷͰ஫ҙ
122. • beeswarmύοέʔδͰ๘܈ਤΛඳ͖·͠ΐ͏ • ശͻ͛ਤʹॏͶॻ͖΋Ͱ͖Δ ύοέʔδ 122 ศར͞Λ૿΍͢ύοέʔδ >install.packages(“beeswarm”) >library(beeswarm) >beeswarm(dat) >boxplot(dat[,-1]) >beeswarm(dat[,-1],add=T)
124. ͓͠·͍