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oku-slide-20221129

Makito Oku
November 27, 2022

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対照群を用いない同期性揺らぎ遺伝子の抽出法
奥 牧人 (富山大学)
2022/11/29
第72回 バイオ情報学研究会

Makito Oku

November 27, 2022
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Transcript

  1. A B |A∩B| |A∪B| J = 実データによる評価法 てんかんマウスの実験データ (GSE77578) を使用

    対照群 (溶媒のみ、 ) 実験群 (薬剤投与 3 mg/kg, ) 再現性の評価手順 1. 全データを使い同期性揺らぎ遺伝子を抽出 2. 実験群から1サンプル除外したとき結果が どれだけ異なるかをJaccard指数で評価し、 最悪ケースを除外 3. 以下同様に繰り返す N = 17 N = 18 18 / 32
  2. 順位 遺伝子記号 スコア 1 Clic6 0.345 2 Enpp2 0.311 3

    1600023A02Rik 0.290 4 Folr1 0.277 5 1500015O10Rik 0.265 6 Kl 0.196 7 Sostdc1 0.190 8 Igf2 0.185 9 Aqp1 0.183 10 Slc13A4 0.180 順位 遺伝子記号 スコア 1 Clic6 0.299 2 Ttr 0.277 3 Enpp2 0.273 4 1600023A02Rik 0.255 5 Kcne2 0.245 6 Folr1 0.242 7 1500015O10Rik 0.235 8 Kl 0.167 9 Sostdc1 0.166 10 Igfbp2 0.165 実データの結果 (個別スコア) 対照群あり (左) となし (右) で上位10個中7個が共通していた。 24 / 32
  3. エンリッチメント解析 (対照群あり) List size 34, Population size 20136 GO annotation

    Count/Pop hits p-value q-value lipid metabolic process 6/728 1.2E-03 1.9E-03 transmembrane transport 5/437 7.8E-04 1.9E-03 31 / 32
  4. エンリッチメント解析 (対照群なし) List size 40, Population size 20136 GO annotation

    Count /Pop hits p-value q-value aging 5/191 3.7E-05 1.8E-04 lipid metabolic process 5/728 1.4E-02 3.5E-02 negative regulation of transcription from RNA polymerase II promoter 5/975 4.3E-02 4.3E-02 ion transport 4/599 3.0E-02 4.3E-02 negative regulation of apoptotic process 4/659 4.1E-02 4.3E-02 32 / 32